Формально, входные-выходные данные процесса по BPMN - это коллекции элементов типа Artifact, которые задаются тегами InputSets / OutputSets соответственно. У меня сейчас под рукой нет EA, так что я не помню, поддерживаются ли там такие тэги, но, по-моему они там недореализованы, а именно: теги-то есть, но элементы модели к ним привязать нельзя. Я, впрочем, могу ошибаться - поробуйте. Я не пользовалась ими по простой причине: передо мной стояла цель получить визуальную репрезентацию процессов для обсуждения их с бизнес-пользователями. В EA теги на диаграмму не вытащить, во всяком случае штатными средствами я не смогла, т.е. на автомате связности модель-диаграмма не достичь.
С перегруженностью диаграммы бороться, как мне видится, можно только одним способом - не показывать потоки данных на BPMN диаграмме. Вместо этого:
1. Иметь их только в свойствах процесса - если получится то, что я написала выше.
2. Если все же хочется видеть потоки данных, то сделать отдельную диаграмму потоков данных. Процессы на ней могут быть представлены теми же элементами модели, что на диаграмме BPMN - это EA сможет. DFD специально под это заточена, на ней можно и кусочки данных показывать, т.к. их визуальная репрезентация - это надписи на стрелках, а не прямоугольники, как в BPMN. В EA начиная с какого-то билда есть DFD, но у меня вот, например, более старая версия, так что я изображала DFD с помощью элементов Activity diagram. Кусочки данных в модели представлены как Information object, их можно привязать к flow, на диаграмме это - текст на стрелке. Выглядит вполне приемлемо.
С InMessage / OutMessage история примерно такая же, как с Input/OutputSets. В этом случае в EA точно можно создать message, как элемент модели ну и прописать его в тег, как полагается по спеке BPMN.