It depends ... Вопрос в том, для чего будет служить такое описание. Если это приложение к контракту (типа будет сделано так и только так, а все остальное -- запросы на изменение за отдельные деньги, либо просто включаем нашу оценку изменений в риск-бюджет), то это описывается в приложении к контракту. Обычно его именуют ТЗ, даже если ничего общего с ГОСТ он не имеет. Никто не мешает вам в этом документе создать соответствующий раздел и там это и описывать.
Другой вопрос, что эта карта переходов нужна вам самому, как разработчику, чтобы ориентироваться в многообразии переходов и т.н. "функциональном дизайне" сайта -- то это можно описать в сценарной форме (в т.ч. используя технику юзкейсов). Плюс дополнить ее графической нотацией, например те же диаграммы UML. Но для этого вам нужно будет а) выделить сущности, состояние которых будет изменяться б) сформировать диаграммы состояний этих сущностей. При этом формат документа в который вы это будете размещать не существеннен. Его может и не быть в принципе -- т.к. все знания могут просто существовать в виде модели в инструментальном средстве (тот же Sparx или StarUML)