Что касается структурно-функциональных методологий, то, по-моему, они, не успев обрести программную плоть, испарились как вид. Ну немного их используют экономистя с информационным уклоном, или бизнес консультатнты для пуска пыли в глаза. Еще IDEF0 где-то как-то мелькает, и то чаще всего не по стандарту. По DFD вообще ничего найти не возможно, то есть не успел обрести электронную жизнь. А что еще отстается? Некие "чистые комнаты?", теоретико-множественные переходы? сети Петри крашенные и нет? Вот сети мне нравятся, но как их использовать для описание ИС - непонятно, хотя алгоритмы описывать прикольно, особенно если есть под рукой эмулятор....
А какие еще методологии? Чего-то на ум ничего не приходит...