Если посмотреть на первоисточник (Шеер. Бизнес-процессы. Основные понятия. Теория. Методы), то прочитаем следующее:
Функциональные модели. Процессы, преобразующие вход в выход, группируются в функциональную модель. Обозначения «функция», «процесс» и «операция» употребляются как синонимы. В связи с тем, что функции тесно связаны с целями, поскольку они направлены на их достижение и подчиняются их управлению, цели также относят к функциональным моделям. В прикладных системах (ПС) описываются правила компьютерной обработки функции. Таким образом, ПС адекватно подходит под определение «функций» и также относится к функциональной модели.
Организационные модели. Класс организационных моделей служит для описания иерархической структуры организации. В организационных моделях группируются субъекты ответственности и средства, выполняющие работу над одним и тем же объектом Именно поэтому сущность «человеческий ресурс», а также средства «финансовые ресурсы» и «компьютерная техника» относятся к организационной модели
Модель данных. Модели данных описывают информационный контекст (среду обработки данных), а также сообщения, активизирующие функции или активизируемые ими. С именами данных можно также связать предварительные детали, касающиеся функции информационных систем как носителей данных. В моделях данных неявным образом фиксируются также объекты в виде информационных услуг. Однако в основном такие объекты описываются в моделях выходов.
Модели выходов. Модели выходов содержат все физические и нефизические входы и выходы, включая потоки денежных средств
Модели управления / модели процесса. В этих моделях соответствующие классы моделируются с учетом их внутренних взаимоотношений. Представление отношений между отдельными моделями, так же как и в рамках всего бизнес-процесса, в виде управляющих моделей (или моделей процесса) позволяет постоянно отслеживать все двусторонние отношения между моделями различных типов, а также полностью описать процесс.
Сравниваю только нотации, описания процессов.
Надо бы начинать сравнение не с "внутренностей", а с целей, назначения. На мой взгляд, на Ваш вопрос - "можно ли сравнивать", ответ - "Скорее нет" (технически, конечно, сравнить можно: здесь квадратики, там кружочки, а смысл?). На второй вопрос - "правильно ли ставится акцент на нотации", ответ тоже будет "нет". Ибо нотация - всего лишь средство, а ведь есть, так сказать, "глубинный смысл". Ведь моделирование выполняется же не для "рисования картинки" .
Кстати, такие сравнения уже делались, видел на citforum, interface, но какие-то они техногенные, чтоли... Если бы ставилась задача сравнения, нужно было бы использовать пригодную для всех методологий (пусть пока будет этот термин) задачу. Выполнить ее всеми этими методами, получив таким образом реализацию решения. И сравнивать не сами методологии или средства, а количество усилий и/или допущений, которые потребовались для решения. В случае, если задачу не удалось бы решить каким-либо способом - то это не значит что методология плоха, а всего лишь, что непригодна для решения таких задач.
Ну и, конечно, для использования нескольких методов, их надо знать на достаточном уровне.
Анализ методологий IDEF, UML, Aris