В присланном вами коде есть только это классы реализованные вами
AlarmReceiver.java
BootReceiver.java
DateTimeSorter.java
LicencesActivity.java
MainActivity.java
Reminder.java
ReminderAddActivity.java
ReminderDatabase.java
ReminderEditActivity.java
Все они и отображаются на диаграмме,
а вот классы-предки - части библиотек, которых у вас в пакете нет, откуда же он возьмет эту информацию и отобразит ее на диаграмме?
Далее Класс SimpleAdapter показан как внедренный объект в которые еще другие внедрены в трассировке показана связь принадлежит.
Попробуйте разделить в разные файлы и еще раз импортируйте код. Думаю парсер кода спотыкается на том, что классы наследники (а также и интерфейсы) записаны в одном файле mainactivity - как гипотеза