Поиском не нашел отдельных тем.
Предлагаю сюда помещать те средства/ресурсы, находящиеся в веб, которыми вы пользуетесь для моделирования.

От меня:
http://www.websequencediagrams.com/ — моделирование диаграмм последовательностей
http://www.mindmeister.com/ — создание диаграмм связей (Mind Map)
https://www.draw.io/ — очень интересный аналог Visio

https://www.lucidchart.com - все что нужно. Часть платно, часть бесплатно.