Хм... Здесь есть интересный момент. Дело в том, что Заявка может 1. поступить из внешней системы и 2. может быть зарегистрирована сотрудником, принявшем ее на бумажном носителе (далее варианты возникновения Заявки в системе). Вы приводите в пример второй вариант.

Если рассматривать первый вариант (получение заявки из внешней системы), то "Принято от заявителя" это состояние, которое присваивается заявке, после того как система смогла корректно принять XML (заявки) внешней системы, т.е. событие "принято сообщение  из внешней системы" и в этом случае в качестве подтверждения система отправляет сообщение во внешнюю систему о том, что заявка принята со статусом "Принято от заявителя". Далее автоматически возникает событие "Отправка на регистрацию" после чего заявка, при успешной отправке XML сообщения (с заявкой) в систему, которая собственно и должна регистрировать эту заявку, переходит в состояние "Ожидает регистрации". 

Если рассматривать второй случай, то пользователь предварительно может создать заявку в состоянии "Черновика", а вот потом нажать кнопку SUBMIT для того, чтобы отправить заявку на регистрацию. Здесь в качестве события вижу "Отправить на регистрацию" и переход в состояние "Ожидает регистрации".

Я попыталась унифицировать статусы Заявки для обоих вариантов, может быть поэтому сейчас есть непонимание или некорректности?

Что касается вопроса:

Далее
Поступает из внешней системы сообщение с результатом обработки и заявка из В работе переходит в Исполнено - это кажется нормальным, но почему из Исполнено по тому же самому событию (как оно вообще возникнет в этом случае) переход в Ожидает выдаче, а еще дальше по тому же событию + еще иному в Закрыта - это не понятно

Действительно... Немного подправила заданный автомат (см. вложение).
В качестве пояснения:
Есть заявки, по которым результат обработки не должен быть выдан нарочно. Для таких заявок переход из состояния «Исполнена» в состояние «Закрыта» будет осуществляться без перехода в состояние «Ожидает выдачи».
Для заявок, результат обработки которых требует выдачи нарочно из состояния «Исполнена» заявка переходит в состояние «Ожидает выдачи» (по событию «Получения сообщения с подтверждением о получении результата обработки заявки» из внешней системы), а по событию «Ввод даты фактической выдачи» переводит заявку из состояния «»Ожидает выдачи» в состояние «Закрыта».

Хм... Здесь есть интересный момент. Дело в том, что Заявка может 1. поступить из внешней системы и 2. может быть зарегистрирована сотрудником, принявшем ее на бумажном носителе (далее варианты возникновения Заявки в системе). Вы приводите в пример второй вариант.

Ну отлично, пусть она регистрируется сотрудником или приходит извне.
Смотрите я клиент обращаюсь в систему и сам!!! предлагаю свою заявку и от моего имени заявку оформляет сотрудник.
Т.е. из Черновик она возможно попадает в состояние Предложена далее кем то одобряется и регистрируется
Или от моего имени сотрудником сразу из Черновика переходи в Зарегистрирована - ну и что, тем и хорошо, что состояние не зависит от того, как вы в него преешли

Если рассматривать первый вариант (получение заявки из внешней системы), то "Принято от заявителя" это состояние, которое присваивается заявке, после того как система смогла корректно принять XML (заявки) внешней системы, т.е. событие "принято сообщение  из внешней системы" и в этом случае в качестве подтверждения система отправляет сообщение во внешнюю систему о том, что заявка принята со статусом "Принято от заявителя". Далее автоматически возникает событие "Отправка на регистрацию" после чего заявка, при успешной отправке XML сообщения (с заявкой) в систему, которая собственно и должна регистрировать эту заявку, переходит в состояние "Ожидает регистрации".

ну пусть так - правда не понятно почему два автоматических события должны приводить к какому-то промежуточному состоянию - цель то его какая?

Если рассматривать второй случай, то пользователь предварительно может создать заявку в состоянии "Черновика", а вот потом нажать кнопку SUBMIT для того, чтобы отправить заявку на регистрацию. Здесь в качестве события вижу "Отправить на регистрацию" и переход в состояние "Ожидает регистрации".

выше я уже описал свое видение ситуации

Я попыталась унифицировать статусы Заявки для обоих вариантов, может быть поэтому сейчас есть непонимание или некорректности?

Не совсем уловил, что я должен вам ответить?

В качестве пояснения:
Есть заявки, по которым результат обработки не должен быть выдан нарочно. Для таких заявок переход из состояния «Исполнена» в состояние «Закрыта» будет осуществляться без перехода в состояние «Ожидает выдачи».

для этого на переход накладывается условие, если заявка отвечает этому условию то идет в Закрыта, нет идет в ожидает выдачи. А что такое выдан нарочно? Случайно что ли?

Для заявок, результат обработки которых требует выдачи нарочно из состояния «Исполнена» заявка переходит в состояние «Ожидает выдачи» (по событию «Получения сообщения с подтверждением о получении результата обработки заявки» из внешней системы), а по событию «Ввод даты фактической выдачи» переводит заявку из состояния «»Ожидает выдачи» в состояние «Закрыта».

Ну вам конечно виднее. я реально смотрю на синтаксис и пытаюсь увидеть ту семантику, которую вы выдаете.
Мне не понятно, что такое «Получения сообщения с подтверждением о получении результата обработки заявки». А когда заявка переходит в Исполнено, то что это означает?

ну я бы поработал стилистически и всетаки описал внимательно что значит находится в каждом из состояний