Тока начал изучать bpmn
Начал искать готовые примеры и тут завис
http://images.yandex.ru/yandsearch?site=clientprav.ru&text=bpmn%20%20&img_url=www.clientprav.ru%2Fimg%2Fbpmn%2F3.gif&pos=4&rpt=simage&itype=any

Почему "Оформить заказ"- процесс и из него выходит конверт, однако после процесса "Укомплектовать заказ" идет не процесс "Уведомить о готовности", а сообытие с конвертом. Вроде по мне, так ситуации идентичны .

2-й вопрос- почему в конце не сделан процесс "Выслать счет-фактуру", а сделано событие с конвертом "Счет-фактура" .

Потому что так захотел автор.
В одном случае это сообщение. Сообщение используется для отображения сущности взаимодействия между двумя Участниками бизнес-процесса .
А в другом это промежуточные события.

И кстати всегда легче смотреть картинки если есть описание.
Посмотрите есть описание спецификации BPMN 2.0, может понятнее станет.