Мне кажется основной проблемой на больших, тем более долгоживущих проектах, является проблема поиска.
Ее причины достаточно очевидны:
-- со временем скапливается огромное количество информации в том или ином виде
-- она скапливается в разных видах, что часто не позволяет применить единые способы поиска
-- эта информация отражает навыки и умения людей прошедших через время этого проекта, документы, записки, формулировки разной степени детальности, корректности, структурированности, формализации, способе хранения и т.п.
Второй момент - это огромное количество дублирующейся информациии соответственно источников одной и той же информации.