опиця: Show Sequence Numbering - Show sequence numbers on Sequence messages.
просто включает отображение нумерации, но в я не нашел как сменить способ нумерации, например на сквозную. (то есть все сообщения нумеруются целыми числами 1,2,3...).

Это можно сделать в Sparx EA? (в Rational Software Architect я это делал)

К сожалению на диаграмме последовательностей изменить  правила нумерования нельзя. (как вы хотите)

Что удивительно - это можно сделать на диаграмме коммуникации, причем достаточно гибко.
Вызывайте диалог сообщения - там есть флажок Начать новую группу. Кроме того, в контекстном меню сообщения Можно именить и полюбоваться на порядок нумерования иследования сообщений.

Думаю в диаграмме последовательностей это просто делается путем перетаскивания с места на места.

Чтобы начать новую группу сообщений  на диаграмме последователеностей щелкниет по сообщению, в контекстном меню Activations ну и там понятно, что делать

Насколько можно судить в ЕА заложена такая модель - все дальнейшие сообщения с нумерацией 1.1 и т.д. по сути подчинены вызову 1.0

Спасибо. через создание новых групп - почти то что нужно получилось.

Насколько можно судить в ЕА заложена такая модель - все дальнейшие сообщения с нумерацией 1.1 и т.д. по сути подчинены вызову 1.0

Это же только один из вариантов нумерации. Еще есть "в зависимости от источника" и "сквозная".