По практике применения внутренние ТЗ пишутся на отдельные модули системы, которые выделяются в отдельные внутренние проекты или планируется применять в нескольких проектах.
Во внутренних ТЗ обычно отражают детали, которые не нужны заказчику проекта, но требуют фиксации и понимания всей командой в процессе разработки, внедрения и поддержки. И это наверно является главным фактором, вызывающим необходимость такого ТЗ.
Если кратко, то как-то так