Принципиальный вопрос - фиксация времени конкретного сотрудника, потраченного на конкретную услугу. Если эта информация есть, например, есть timetracker или каждое подразделение работает над своей услугой, то проблем нет. Если этой информации нет, то посчитать невозможно.
Что нужно делать, если информация есть? Берем суммарное время человека за месяц, делим пропорционально его зарплату (с учетом коэффициента года - отпуска, болезни) - получаем стоимость в зарплате. К зарплате добавляем связанные с ней расходы - ЕСН, НДС. Потом берем аренду и инфраструктуру, их правильно делить пропорционально людям (человеко-часам) на каждую услугу без учета зарплаты, если только дорогой сотрудник не занимает сильно больше места, например, отдельный кабинет, но с учетом личного коэффициента фиксации - если один сотрудник зафиксировал в месяц 100 часов, а другой - 130, то рабочее место оба занимали целый месяц. Собственно, после этого получаем себестоимость.
Считается в Excel, специальные системы не нужны (кроме time tracker, но это для первичных данных).