Коль скоро это диплом, и тема -- интеграция, то не факт, что я стал бы рисовать UC. Для начала нужно описать процессы в рамках которых происходит интеграция, именно процесс, т.е. описать динамику. Для этого можно использовать хоть тот же BPMN ... отсюда выходим на регламент взаимодействия двух систем. В качестве средства интеграции можно взять не файлы а какой-нить MOM ... и потом в дипломе привести интеграционный сценарий в BEPL, поддерживаемый данным MOM.