На мой взгляд, вариантов, как все это запроектировать, явно больше одного и выбор лучшего из них часто зависит от контекста решаемой задачи. Что в вашем случае первичнее: информация о самом по себе взаимодействии, атрибутами которого тогда будут являться взаимодействующие подразделения, период взаимодействия, документ-основание, или вам достаточно сохранить сведения обо всех взаимодействиях данного конкретного подразделения с другими подразделениями, например? В принципе, второе является частным случаем первого... Если вы указали, что подразделение А взаимодействует с подразделением В, то означает ли это, что В на основании того же документа взаимодействует с А? Т.е. является ли в вашем случае одно подразделение основным участником взаимодействия, а остальные - второстепенными или они равноправны? Нужно ли вам отдельно сохранять сведения о документах, являющихся основаниями для взаимодействий? Что в вашем случае является взаимодействием, в конце-концов? Я намекаю на то, что, возможно, взаимодействие у вас должно быть отдельной сущностью (таблицей БД)...