К сожалению мне не удалось найти, где в скрипте DDL можно изменить местоположение приставки-суффикса. Боюсь, это явно невозможно, это зашито где-то на уровне кода. Для уточнения - попробуйте задать вопрос на форуме ЕА.
Однако, Вы описали недостаточные действия. Кроме
ставлю галочку на Generate sequences
, нужно так же установить Create triggers.
Однако решение Вашей проблемы элементарно. Напишите программку, или ручками в том же FAR меняете все вхождения типа Table1_id_SEQ на новые SEQ_Table1_id. Не особо и парясь.
А можно вопрос - почему неприменно нужно чтобы SEQ стоял впереди?