Уф, попробую коротенько ответить, подробности удобней через личные сообщения, а конечный результат внесем в фак.
1. к любому элементу ЕА можно привязать task, Issue, Change, defect. В меню view выбираем Maintenance, появляется панелька со вкладками для этих элементов, выделяем элемент на диаграмме, создаем элементы вида дефект и т.д. и т.п. на панельке. Получить список всего этого можно путем генерации rtf-отчета с Maintenance template.
Кроме этого, линки никто не отменял, и можно соединить линками отдельные элементы модели. Про это поподробнее расскажу по запросу.
2. Тут зависит от того, каким способом создаем задачи и пр. (списком на maintenance и элементами модели - по-моему будет по разному)
3. Сильно зависит от способа организации репозитария ЕА и системы контроля версий. И вообще, какая база имеется в виду - совпадают ли классы таблиц данных в модели с реальными таблицами или что?