Эд, наврал так наврал

Не наврал, а не понял сути вопроса

Один разработчик, который работает на Drupal, рассказал мне следующий подход, который он использует при разработки системы:
1. Разработка модуля отображения информации
2. Разработка модуля функционала
3. Разработка логики контента 
Вот более подробно об этих вещах, в особенности 3, мне бы и хотелось узнать.

Эти вещи специфичны для CMS и метафоры, которую использует сайт. Как минимум стоит прочитать "Информационную архитектуру в интернете".

Для конкретной CMS типа Plone, Drupal и т.д. есть свои книги, в которых раскрывается специфика проектирования (а точнее - конструирования) под них. Например, недавно вышел русский перевод книги по Drupal.

А use-case - алгоритмы.

Опечатка имелось ввиду конечно же "алгоритмы и use-case", спасибо за поправку. :-)

спасибо за помощь
Начну с книги.