Если основному заказчику требуется документация ко всей системе, то её и нужно писать. Как именно писать, зависит от того, что уже написано. Если есть документация к базовой системе (и к ней у заказчика нет вопросов), то можно в дополнение к ней задокументировать доработки. Если нужно писать с нуля, проще сразу описывать систему целиком. В любом случае, вначале нужно определить, что именно будет описано в документации, вся система или доработки, и этого придерживаться.
Но вообще, если работать по 34 госту, тех.проект вначале утверждается заказчиком, затем в соответствии с ним создаётся система. Если система уже создана, тех.проект скорее всего требуют для галочки, "чтобы была документация по ГОСТу", и читать эти документы всё равно никто не будет.