Интересует такой вопрос, имеются ли инструменты, которые позволяют генерировать диаграмму последовательности или кооперации класса PHP? Может ли Bouml справиться с этой задачей?

Вопрос наверное -  генерировать UML диаграммы на основе существующих классов в PHP.

Если да. То BOUML должен подойти. Не работал в нем, но по описанию имеются поддержка импорта PHP и поддержка экспорта (поддерживает также C + +, Java, Python).