Принципиальных отличий я не вижу. Т.к. если захотеть, то можно в космос, т.е. применить любую методологию разработки ПО и там и там. Как я понимаю мы говорим про большие организации и в частности про большой отдел разработки.
Единственное отличие внутренней разработки от разработки на заказ - это то, что с компании-разработчика зачастую требуют всякие там документы по стандарту (ГОСТ, СРС и т.д.), да и модно нынче сказать в качестве рекламы, что мы используем РУП и ЮМЛ, поэтому хошь не хошь, а приходится им постигать новые методологии и стандарты. А для внутреннего разработчика зачем что-то новое внедрять и так все работали сто лет и так проработают, если нет инициативных людей, которые видят кучу ошибок в организации процесса разработки.
Кстати, а компания-разработчик, которая делает один большой коробочный продукт - это как считать??