я думаю по-другому.
если оттолкнуться от определения бизнес процесса - упорядоченная последовательность функций, выполняемых (очевидно персоналом) для достижения заданного результата, то предметом изменений может быть содержание функций, перераспределение обязанностей, представление промежуточных и итоговых результатов и что-то подобное (в зависимости от детальности рассмотрения бизнес процесса)
т.к. "общесистемные" процессы непосредственно не связаны с созданием результата системы в целом, то практически любое их изменение (вплоть до исключения) определяет только условия функционирования "предметных", в то время как изменение последних будет непосредственно влиять на результат.
далее, отсюда же возникают те самые критерии. если ставить вопросы типа, что произойдет с результатом, если, допустим, некоторую функцию разделить между двумя участниками (например, чтобы распараллелить ее выполнение), или что нужно ускорить, чтобы раньше получить результат. тут-то и появятся критерии.
P.S. отсюда же довольно близко от ТОС, хотя непосредственно к рассматриваемому вопросу выполнения изменений TOC не относится, т.к. не говорит как менять. скорее - что должно получиться и почему именно так.