Ваш случай регулирует ГОСТ 2.105, обязательное применение которого при разработке ТЗ регламентируется п.3.2 ГОСТ 34.602.
Вообще, деление на тома - исторически сложившаяся практика, которая позволяла дробить килограммы бумажной документации на приемлемых размеров книжки (500 листов). Т.е. было одно ТЗ на 2000 листов + 400 листов приложений - получалось 5 томов, в последнем из которых шли приложения. Это если их включали в текст ТЗ, что делать необязательно (п.4.3.4 ГОСТ 2.105 "Приложение оформляют как продолжение данного документа на последующих его листах или выпускают в виде самостоятельного документа").
Если приложения включают в документ, то п.4.1.13 ГОСТ 2.105 велит: "Нумерация страниц документа и приложений, входящих в состав этого документа, должна быть сквозная."
Соответственно, Ваша ситуация с необходимостью включать приложения в каждый том - это уже некое извращение мимо ГОСТ, на которое изначальный подход рассчитан не был. Потому, на мой взгляд, можно (если нужно) продолжать в том же духе. Нарушением больше, нарушением меньше... Я бы делал сквозную нумерацию приложений и включал их в тома по потребности.
А вообще, если есть вероятность того, что ТЗ будут драть по формальному признаку, я бы не фантазировал и сделал ровно так, как велит Стандарт.