это, как говорится, зависит от...
в первую очередь от заказчика. существует ли у него какие-то правила на этот счет. у многих сравнительно крупных госзаказчиков или акционерных обществ на каждый подобный чих есть соответствующий стандарт или положение.
а в целом порядок оформления и предъявления результатов - есть предмет взаимоприемлемых договоренностей между заказчиком и исполнителем работ. например, можно организовать коммисию, в которую включить заинтересованных лиц как со стороны заказчика, так и со стороны исполнителя, оговорить моменты и формы документов связанных с разработкой, наладкой, запуском, испытаниями и приемкой системы, определить регламенты (в т.ч. временные) этих работ комиссии и тп. В общем навертеть можно много чего, был бы смысл и толк.
что касается порядка контроля и приемки системы, ситуация в некотором смысле аналогична, точнее в том смысле что и заказчика нужно удовлетворить и исполнителю при штанах остаться. Хотя с другой стороны о какой государственной комиссии может идти речь в отношениях двух частных компаний? Все хорошо к месту: при сдаче работ для госзаказчика комиссия и будет государственная, а для частника (какое-нить ЗАО "Импекс Холдинг") такой статус не нужен, разве что щёки понадувать...
ну и от масштаба системы тоже зависит и заказчику это тоже стоит понимать (ну или разъяснить), что для какого-нибудь форума на сайте или даже сайта в целом огород городить зачастую не имеет смысла. достаточно, чтобы был ответственный с соответствующими полномочиями...
Тем не менее в ТЗ на эту тему что-то нужно зафиксировать, чтобы не было мучительно больно в ожидании приятного момента получения достойного и заслуженного вознаграждения.
Вы бы написали чуть подробнее, что у Вас за случай? Или это учебное задание?