Вообще говоря в последние годы теримнология по бизнесу плавает туда-сюда, и конкретный человек мог под этим словом иметь что угодно
Ничего особо специфического в gap-анализе при разработке ПО нет. На мой взгляд, он должен проводиться на этапе определения бизнес-требований и выработки концепции. Т.е. описав текущую бизнес-ситуацию и желаемую, можно приступать к анализу разности и выработке порядка устранения разрыва за счёт перестройки, создания и автоматизации процессов.
Кстати, gap - это просто слово, а не аббревиатура.